Родоначальник рода E-M96 родился примерно 65 тысяч лет назад. Точное место его рождения неизвестно – по одним данным, его родиной считается Восточная Африка, по другим – Азия, откуда его представители мигрировали в Африку.
Более 55 тыс. лет назад племена, принадлежащие этой гаплогруппе, начали своё расселение по Африке. Это расселение способствовало обособлению отдельных ветвей (субкладов).
Среди основных субкладов можно отметить:
E-M75 и E-P147– Восточная Африка
E-M41 – Восточная Африка
E-M98 – Центральная и Западная Африка
E-M132 – Западная Африка
E-P177 – Северо-Восточная Африка
E-M215 – Северная Африка
E-V38 – Западная Африка