Около 45 тыс. лет назад произошла мутация в ДНК женщины, жившей на Ближнем Востоке или Кавказе. Дальнейшие мутации происходили в линиях J1a1 (27 тыс. лет назад), J2a (19 тыс. лет назад), J2b2 (16 тыс. лет назад), J2b3 (5800 лет назад) и др. Гаплогруппу J связывают с распространением сельского хозяйства и пастушества в Европе в эпоху неолита (10— 8 тыс. лет назад).
Средняя частота гаплогруппы J в целом наиболее высока на Ближнем Востоке (12 %), затем в Европе (11 %), на Кавказе (8 %) и в Северной Африке (6 %). Из двух основных субкладов J1 составляет 4/5 от всей гаплогруппы и распространена довольно широко, тогда как J2 локализована в Средиземноморье (Греция, Италия/Сардиния и Испания).