Гаплогруппа Х появилась около 30 тысяч лет назад в Азии, происходит от гаплогруппы N. В свою очередь, около 20-25 тысяч лет назад распалась на подгруппы X1 и X2.
В целом гаплогруппа X составляет около 2 % населения Европы, Ближнего Востока и Северной Африки. Подгруппа X1 довольно редка, представлена лишь в Северной и Восточной Африке, а также на Ближнем Востоке. Подгруппа X2 распространилась на значительную территорию вскоре после последнего оледенения, около 21 тыс. лет назад. Эта подгруппа значительнее представлена на Ближнем Востоке, на Кавказе и в Южной Европе, в меньшей степени в остальных странах Европы.