Считается, что гаплогруппа A возникла в Азии около 50 тыс. лет назад и её предком была гаплогруппа N.
Подгруппа A1 распространена в северной и центральной Азии, тогда как подгруппа A2 — в Сибири. Также является одной из 5 митохондриальных гаплогрупп коренного населения Америк, наряду с такими, как B, C, D и X.
Гаплогруппа A чаще всего распространена среди таких народов, как чукчи, эскимосы, на-дене, индейцы Центральной Америки. К ней же принадлежат 7,5 % японцев (в основном подгруппы A4 и A5).