Гаплогруппа C, как считается, возникла в регионе между Каспийским морем и Байкалом около 60 тысяч лет назад. Является потомком митохондриальной гаплогруппы CZ, в свою очередь произошедшей от митохондриальной гаплогруппы M.
Гаплогруппа C распространена в Северо-Восточной Азии (в том числе в Сибири). Является одной из 5 митохондриальных гаплогрупп, обнаруженных у коренных народов Америки, наряду с такими, как B, C, D и X.
Гаплогруппа С делится на шесть основных субкладов, каждый из которых характерен для определенных регионов.