Последние исследования показали, что гаплогруппа H, предположительно, возникла в западной Азии около 30 тыс. лет назад, прибыла в Европу 20—25 тысяч лет назад и быстро распространилась на юго-запад континента. В период последнего ледникового максимума (последнего оледенения) 20—13 тысяч лет назад большинство палеолитических поселений Северной и Центральной Европы вымерло, в связи с чем представители гаплогруппы Н в большей степени выжили лишь на севере Испании (поэтому в настоящее время данная гаплогруппа хоть и распространена по всей Европе, но с наибольшей частотой, более 50 %, встречается среди басков).
Гаплогруппа H — наиболее распространённая митохондриальная гаплогруппа в Европе — к ней относится примерно половина современного населения Европы. Данная гаплогруппа также часто встречается в Северной Африке и на Ближнем Востоке.