С момента рождения Адама до расселения человечества прошли десятки тысяч лет, за которые в Y-ДНК отдельных мужчин произошли небольшие необратимые изменения – мутации. Эти мутации они передали уже своим сыновьям, а те в свою очередь – своим. Называются такие необратимые и неопасные мутации как однонуклеотидный полиморфизм или SNP (сокращение от англ. single nucleotide polymorphism). Набор характерных SNP-мутаций Y-хромосомы называют Y-гаплогруппой.
В настоящее время выделено 20 основных Y-гаплогрупп человечества, восходящих к Адаму. Для удобства их обозначают латинскими буквами от A до T.
Каждая из этих гаплогрупп в свою очередь имеет уже свои нисходящие SNP-мутации. Для удобства их называют субкладами и обозначают цифрами и буквами. Например, гаплогруппа R имеет две нисходящие SNP-мутации, определяющие гаплогруппы R1 и R2 соответственно. Сам субклад R1 в свою очередь имеет ещё две мутации, которые дают субветви R1a и R1b и т. д.
Первые Y-гаплогруппы возникли ещё в период проживания людей в Африке. Это гаплогруппы A и B. Все прочие возникли уже после расселения в Евразию и свойственны отдельным континентальным популяциям. Например, американские индейцы и народы Сибири относятся к субкладам гаплогруппы Q, аборигенное население Океании – гаплогруппам S и M.
Говоря другими словами, гаплогруппа может дать информацию о том, откуда произошла Y-хромосома данного конкретного человека и путь его предков в течение последних тысячелетий.