Родоначальник рода H-M69 родился примерно 45 тысяч лет назад где-то в Южной Азии.
Около 40 тыс. лет назад племена, принадлежащие этой гаплогруппе, начали своё расселение по Южной Азии и Индийскому субконтиненту. Это расселение способствовало обособлению отдельных ветвей (субкладов).
Среди основных субкладов можно отметить:
H-M52 – Южная Азия
H-Z5867, H-Z4469, H-M82 – Индийский субконтинент
H-Z14258 – Индия
H-Z13966 – Гималаи